森林生态环境与保护研究所主要以我国森林生态环境建设和林业可持续发展、保护我国森林资源为目标，开展全国性的高层次的森林生态系统服务功能、保育、管理和恢复技术研究以及针对我国发生的重大森林病虫害和森林火灾预防和防治的热点和难点问题进行研究以及开展野生动植物保护与利用研究。

　　经过多年的发展，森环森保所已成为我国森林生态环境与保护研究领域的国家核心研究基地、监测评估网络中心和科技咨询与服务中心。研究所目前拥有2个国家林业局重点开放性实验室－森林生态环境实验室和森林保护学实验室；以及中国林科院植物、森林昆虫、林木病原生物、昆虫病原生物、野生动物、森林真菌和微生物资源等6种生物类型的4个标本（馆）中心。自然保护区平台建设中，主要通过开展自然保护区动植物和特有濒危物种资源调查、标本采集和整合共享，制定相关技术标准等为自然保护区濒危物种的保护提供依据；构建保护区生物标本共享门户网站，实现自然保护区生物资源信息与标本的社会化共享。林业微生物资源子平台建设主要承担和负责林业微生物资源的标准化整理、整合及共享，制定了菌种鉴定、委托保藏等措施和标准，并提供相关服务等。全国鸟类环志中心、国家林业局全国野生动植物研究与发展中心、国家林业局生态环境监测总站、国家林业局有害生物检验鉴定中心、中国微生物菌种保藏管理委员会林业微生物中心（含菌库）等7个机构挂靠该所。研究所现有1个国家级生态环境野外试验台站——江西大岗山森林生态系统定位研究站，4个部门级生态环境野外试验台站——湖北秭归森林生态系统定位研究站、河南宝天曼森林生态系统定位研究站、山东昆嵛山森林生态系统定位研究站和宁夏六盘山林水相互关系研究站，还拥有林业系统唯一的甲级资质环境影响评价中心以及化恒基业动物标识中心。