森林生态与森林保护学以森林生物与环境相互作用关系为研究对象，从生物个体、种群、群落，以及森林生态系统、景观和生物圈等不同尺度研究森林生物与环境的作用规律。保存我国珍稀、已灭绝或濒临灭绝的重要森林动植物、昆虫、真菌物种和微生物基因等资源，对实现森林生态和森林保护学研究与国际同类研究和保藏的接轨；进一步为我国和全球的森林生态环境与森林保护建设、森林资源可持续利用和森林经济可持续发展提供科学依据，具有十分重要的理论意义和科研价值。

　　多年来，研究所一直致力于生物多样性方面的研究，现有（挂靠）森林植物、昆虫、林木病原生物、昆虫病原生物、野生动物、森林真菌和微生物资源等6种生物类型的4个标本（馆）中心和一个中国微生物菌种保藏管理委员会林业微生物中心（含菌库）挂靠我所。其中森林植物标本馆、森林昆虫标本馆是我国林业科研系统历史最悠久、收藏保藏规模最大的植物标本馆和昆虫标本馆，是林业科研的重要基础设施之一，全面收集与森林植物种质资源和昆虫等相关的植物和昆虫标本、图像和数据资料，并开展相关生物资源的研究、开发和可持续利用。中国林业微生物菌种保藏管理中心的“林业微生物菌种保藏中心”，成为中国微生物菌种保藏管理委员会下设的农业、工业、医学、兽医、药用及普通等7个国家级专业菌种保藏管理中心之一。自中心成立以来，负责全国林业微生物菌种资源的收集、保藏、管理、供应和交流，经林业系统多个单位微生物工作者的共同努力，初步摸清了我国当时分散保藏于各单位的各类微生物菌种的种类、数量及研究和开发利用状况。森林植物病害标本馆是保存我国珍稀、已灭绝或濒临灭绝的重要真菌物种和微生物基因资源的重要机构之一。

　　森林植物标本馆收藏腊叶标本约12万份，约212科，1370属，8000多种；林业昆虫标本馆有成虫标本22个目，220余科，23.5万号，7700余种。另外，还有模式标本600种，生活史标本243套；幼虫标本3000余种；其中森林植物标本馆是我国林业系统最大的标本馆；森林植物病害标本馆藏有全国植物病害标本16,000余份；中国林业微生物资源保藏管理中心保藏微生物菌株共7000株，分属于234个属，508余种（亚种或变种）。动物标本馆收藏有鸟类标本21目 81科 186种，占全国鸟类种类的14.81%，其中属于国家保护动物的鸟类有16种。由于现有的保藏空间极其有限，因此仍有许多珍贵的标本采集后尚未收回。