研究所以保护中国森林资源和生态环境及可持续发展为总目标，开展全国性跨地区、跨学科高层次、高技术的森林生态环境与森林保护领域的应用基础、基础理论和应用技术研究。重点研究森林病虫灾害形成机制、监测技术和综合防治技术，开展森林生态与环境的保护、管理、功能监测与效益评价研究，森林生态系统结构与功能规律研究，全球变化对森林影响、环境影响评价与环境政策研究，植物生殖生物学、野生动植物保护和持续利用，森林火灾监测与防治研究；加强科技成果推广和开发；广泛开展森林资源与生态环境保护领域的国际间合作交流。