1998年研究所成立时有生态学硕士和博士学位授予点；植物学、森林保护学硕士学位授予点三个二级学科。目前，研究所设有生态学、森林保护学、野生动植物保护与利用、林业环境与能源工程硕士和博士学位授予点；植物学、环境科学硕士学位授予点。

　　随着我院科研事业发展，研究所整体实力大大提高，研究生导师队伍的不断壮大，1998年有博士生导师3人，硕士生导师10人。现有博士生导师13人，硕士生导师43人。

　　研究生招生规模呈逐年增长，招生人数由1998年7人增加到2008年的26人，增加了近3倍，2008年有在校研究生人数已达85人。共培养研究生120人，其中52人取得博士学位，为科研、生产单位输送了许多优秀人才。为适应科技体制改革的需要，吸引高校优秀博士生充实到我所的科研队伍中来，先后共接纳44名博士来我所从事博士后研究工作，有33人顺利完成了在站期间的科研工作出站。有5位博士后获 “中国博士后基金科学基金资助金” 资助。为国家和研究所培养了一批高素质的科研后备人才。自2004年以来，研究所每年接受40名左右外单位的研究生来我所实习生并从事科研实习工作。